かつて、巨大な異星人「ゼントラーディ」との壮絶な星間戦争に巻き込まれ、未曾有の危機に瀕した地球とそこに住まう人類達。多くの尊い命を失いはしたが、辛くも危機を乗り越えた人類は、やがて種の存続を主眼に置き、新天地を求めて広大な銀河の各方面へと旅立っていった。
西暦2059年。「新統合軍」が擁する戦闘艦と一体化した居住艦を中心に、1000万人以上が住まう数えて25番目[3]の超長距離移民船団の「マクロス・フロンティア」(通称「フロンティア」)は、銀河系の中心部を目指す航海の中にあった。
ある日、近隣を航行中の「マクロス・ギャラクシー」船団に住まう歌姫シェリル・ノームが、コンサートのためにフロンティア船団を訪れる。同じ頃、美星学園高校パイロット養成コースに通う少年の早乙女アルトは、シェリルのステージの一部であるエア・アクロバットに出演することになっていたが、彼女の大ファンだという女子高生のランカ・リーと偶然出会う。その後、始まったシェリルのコンサートに人々は熱狂するが、同じ頃フロンティアへは謎の巨大な宇宙生物「バジュラ」が迫っていた。バジュラは新統合軍の迎撃をものともせず、遂には居住艦にまで侵入する。日頃のありふれた訓練でも演習でもなく、目前で本当に繰り広げられる破壊と殺戮に、人々は大混乱に陥った。アルトは、観客が避難を終えるより先にコンサート会場を離れたシェリルに憤りを隠せない。やがて、追ってきた最新鋭可変戦闘機VF-25のパイロットを惨殺したバジュラは、逃げ遅れていたランカに次の狙いを定める。そこへ居合わせたアルトはランカを救うべく、主を亡くしたばかりのVF-25へ乗り込むと再起動させ、バジュラに立ち向かうのだった。
アルト、ランカ、シェリル、そしてフロンティア船団の人々は、否応無しにバジュラとの戦いに巻き込まれていく・・・ →Wikipedia、公式サイト